Поскольку прогноз спектра биологической активности осуществляется на основе структурной формулы химического соединения, он может быть выполнен уже на этапе планирования синтеза. В итоге будут синтезированы лишь некоторые из теоретически возможных производных, в наибольшей степени удовлетворяющие критериям задачи.

Необходимо отметить, что прогноз спектра биологической активности возможен для низкомолекулярных органических соединений, структура которых не отличается принципиально от веществ обучающей выборки. Не имеет смысла прогноз для синтетических и биополимеров, для неорганических веществ и т.п.

Другое ограничение определяется необходимостью наличия не менее 5 веществ с известной активностью для формирования обучающей выборки. Очевидно, что в случае принципиально новых мишеней действия лекарственных препаратов, для которых имеются данные только об 1-2 лигандах, предсказание биологической активности таким методом не может быть реализовано.

Химическая структура и часть прогнозируемого спектра биологической активности для препарата талидомид (жирным шрифтом выделены активности, известные из эксперимента).

PASS CT 1.11 - Prediction of Activity Spectra for Substances

Copyright (c) 1998 V.V.Poroikov, D.A.Filimonov & Associates

Chemical Structure File: thalido.mol, <ACTIVITY_PREDICTION>

24 Substructure descriptors; 0 new, 84 Possible activities.

Pa Pi Activity

0.781 0.006 Cytokine modulator

0.713 0.019 Sedative

0.678 0.030 Cardiovascular analeptic

0.656 0.015 Angiogenesis inhibitor

0.439 0.007 Neurokinin antagonist

0.435 0.008 Calpain inhibitor

0.433 0.009 Oxytocin antagonist

0.443 0.024 Chemoprotective

0.421 0.011 Tumour necrosis factor antagonist

0.398 0.007 Hypnotic

0.439 0.050 NMDA agonist

0.407 0.028 Bronchodilator

0.430 0.059 Psychotropic

0.417 0.054 Anxiolytic

0.370 0.007 Protein kinase C inhibitor

0.428 0.068 Anticonvulsant

0.421 0.062 Teratogen

0.361 0.008 Antidiabetic symptomatic

0.377 0.035 Cardioprotectant

0.336 0.012 Benzodiazepine agonist partial

0.362 0.052 Spasmolytic, urinary

0.364 0.060 Analeptic

0.360 0.060 Nootropic

0.305 0.008 Uterine Relaxant

0.375 0.086 Septic shock treatment

0.385 0.102 Platelet adhesion inhibitor

В случае существенной по отношению к соединениям обучающей выборки новизны химической структуры прогнозируемого вещества (более 3-х дескрипторов ни разу не встретились в обучающей выборке) результаты прогноза могут иметь значительную погрешность. В этом случае целесообразно протестировать вещество на требуемые виды активности независимо от результатов прогноза, так как результатом может оказаться принципиально новая базовая структура.

В некоторых случаях вещество прогнозируется одновременно как агонист и антагонист (стимулятор и блокатор, активатор и ингибитор) по отношению к одним и тем же рецепторам (ферментам и т.п.). Это означает, что система не может дифференцировать внутреннюю активность вещества, а лишь указывает на его способность к связыванию с данным рецептором (ферментом).