При изучении структуры алкалоидов особо важную роль играют реакции размыкания гетероциклических колец, так как они позволяют перейти от сложных полициклических структур к более простым. Наряду с этими реакциями большое значение имеют также реакции, ведущие к установлению основного азотно-углеродистого “скелета” изучаемого алкалоида, т.е. той упрощенной структуры, которая остается после удаления боковых групп и цепей.

Типичными примерами являются реакции раскрытия кольца, в частности одной из важнейших является “гофманский распад” и его модификация “распад по Эмде”. Это удается осуществить благодаря тому, что при нагревании четвертичных оснований, последние распадаются с образованием воды, третичного амина и ненасыщенного углеводорода.

При изучении алкалоидов, являющихся третичным основаниями с метильной труппой при азоте, бывает важно перейти к соответствующему вторичному основанию, лишенному этой группы, т.е. надо провести диметилирование. Эта реакция осуществляется: действием бромциана; сухой перегонкой хлор- или иодгидрата с отщеплением хлорметана или иодметана; действием хлоргидритов на основание, дающее сначала хлорамин, восстанавливающийся до вторичного амина (метод Вильштеттера); окислением основания перманганатом, дающее соответствующую N-карбоновую кислоту, самопроизвольно теряющую CO2; действием азотной кислоты (при повышенной температуре) на третичное основание.

Наиболее часто применяются разнообразные методы окисления и восстановления, имеющие своей целью либо видоизменение тех или иных групп молекул, или провести распад молекулы на более простые части.

В качестве окислителей используют перманганат (в различных средах) и хромовую кислоту (в кислой среде). В качестве восстановителей применяют водород в момент выделения или же элементарный водород в присутствии металлических катализаторов.