История алхимии, особенно западной, может быть включена в систему естественно-научных знаний средневековья.

В алхимии неразрывно соединились разнообразные проявления творческой деятельности средневекового человека. В связи с этим иносказательность многих алхимических трактатов может быть объяснена тем, что в них органически слились естественнонаучные и художественные представления о мире. Кроме того, деятельность алхимика - ещё и философско-теологическое творчество, в котором проявлялись как языческие, так и христианские её истоки. Именно поэтому оказалось так, что там, где алхимия христианизирована (белая магия), этот род деятельности легализуется христианской идеологией. Там же, где алхимия выступает в своём дохристианском качестве (чёрная магия), она признаётся неофициальным, а потому запретным делом. Это во многом объясняет трагическую участь некоторых европейских алхимиков (например, Роджера Бэкона, алхимика Александра Сетона Космополита и др.).

Главным результатом алхимии, кроме накопления запаса знаний о веществе, стало становление эмпирического подхода к изучению свойств вещества. Алхимиками была разработана ртутно-серная теория (теория трёх принципов), призванная обобщить опытные данные. В целом алхимический период явился совершенно необходимым переходным этапом между натурфилософией и экспериментальным естествознанием.

Алхимии изначально были присущи очень серьёзные отрицательные черты, которые сделали её тупиковым путем развития естествознания. Во-первых, это ограниченность предмета деятельности лишь трансмутацией металлов; все алхимические операции с веществом были подчинены этой главной цели. Во-вторых – мистицизм, в большей или меньшей степени присущий всем алхимикам. В-третьих, это догматизм теории – учение Аристотеля, лежащее в основе идеи трансмутации, принималось за истину в последней инстанции без каких-либо обоснований. Наконец, изначально характерная для алхимии закрытость являлась существенным препятствием для развития этой науки.

К середине XVI века в европейской алхимии стало очевидным нарастающее разделение. С одной стороны, это было вырождающееся мистическое направление, представители которого пытались осуществить трансмутацию металлов с помощью магии, с другой – набирающие силу рациональные течения. Наиболее значительными рациональными направлениями являлись ятрохимия и техническая химия, ставшие своего рода переходным этапом от классической алхимии к новой научной химии.