Оптимизация последовательностей белковоподобных сополимеров глобулярных белков
Библиотека / Мутации структуры белковоподобного сополимера. Компьютерное моделирование / Библиотека / Мутации структуры белковоподобного сополимера. Компьютерное моделирование / Оптимизация последовательностей белковоподобных сополимеров глобулярных белков Оптимизация последовательностей белковоподобных сополимеров глобулярных белков

Один из методов получения белковоподобных сополимеров заключается в следующем. Начальная конфигурация – это гомополимерная глобула (Состоит из Н – звеньев). Затем выьирается несколько мономерных звеньев, имеющих наибольшее число контактов с растворителем, и им присваивается индекс Р ( eРР < eНН). Следующий шаг заключается в релаксации полученной структуры. Затем модификации подвергаются следующие звенья. Такая процедура повторяется несколько раз. На рис. 2.8. можно видеть схематичное представление такой процедуры.

Показано, что подобная схема дизайна более эффективна, чем процедура однократного модифицирования поверхности. Также следует сказать, что такая процедура дизайна наиболее близка к реальному процессу, чем другие схемы, так как происходит постепенное взаимодействие с реагентом в растворе и диффузия звеньев цепи в растворитель.

Рис. 2.8. Схематичное представление итеративной схемы дизайна.[19]

Другая схема дизайна реализуется методом Монте Карло. Начальная структура – белковоподобный сополимер. Затем выбираются два звена разных типов и пытаемся поменять их. Согласно схеме Метрополиса, вероятность того, что такой обмен будет иметь место пропорционален ехр (DЕ/RT). После этого система релаксирует некоторое время. Такую схему повторяют много раз. Таким образом подбирается структура белковоподобного сополимера с наименьшей энергией.

Рис. 2.9. Пробный шаг дизайна последовательности: выбираются два мономера различного типа и производится попытка поменять их тип. Вероятность обмена вычисляется согласно схеме Метраполиса. [19]

Смотрите также

Определение фенолов воде
Цель технического отчета заключается в определении уровня загрязнения воды на очистных сооружениях города Троицка. Для выполнения технического отчета я поставил перед собой следующие зад ...

Ненасыщенные альдегиды и кетоны
Ненасыщенные альдегиды и кетоны, в зависимости от взаимного расположения двойной и карбонильной групп в молекуле, могут быть поделены на три группы: с сопряженными (CH=CH2-COCH3 - метилвини ...

Химическое выветривание
Химическое выветривание — это совокупность различных химических процессов, в результате которых происходит дальнейшее разрушение горных пород и качественного изменения их химического состава с обра ...