Оптимизация последовательностей белковоподобных сополимеров глобулярных белков
Библиотека / Мутации структуры белковоподобного сополимера. Компьютерное моделирование / Библиотека / Мутации структуры белковоподобного сополимера. Компьютерное моделирование / Оптимизация последовательностей белковоподобных сополимеров глобулярных белков Оптимизация последовательностей белковоподобных сополимеров глобулярных белков

Один из методов получения белковоподобных сополимеров заключается в следующем. Начальная конфигурация – это гомополимерная глобула (Состоит из Н – звеньев). Затем выьирается несколько мономерных звеньев, имеющих наибольшее число контактов с растворителем, и им присваивается индекс Р ( eРР < eНН). Следующий шаг заключается в релаксации полученной структуры. Затем модификации подвергаются следующие звенья. Такая процедура повторяется несколько раз. На рис. 2.8. можно видеть схематичное представление такой процедуры.

Показано, что подобная схема дизайна более эффективна, чем процедура однократного модифицирования поверхности. Также следует сказать, что такая процедура дизайна наиболее близка к реальному процессу, чем другие схемы, так как происходит постепенное взаимодействие с реагентом в растворе и диффузия звеньев цепи в растворитель.

Рис. 2.8. Схематичное представление итеративной схемы дизайна.[19]

Другая схема дизайна реализуется методом Монте Карло. Начальная структура – белковоподобный сополимер. Затем выбираются два звена разных типов и пытаемся поменять их. Согласно схеме Метрополиса, вероятность того, что такой обмен будет иметь место пропорционален ехр (DЕ/RT). После этого система релаксирует некоторое время. Такую схему повторяют много раз. Таким образом подбирается структура белковоподобного сополимера с наименьшей энергией.

Рис. 2.9. Пробный шаг дизайна последовательности: выбираются два мономера различного типа и производится попытка поменять их тип. Вероятность обмена вычисляется согласно схеме Метраполиса. [19]

Смотрите также

Учёт неидеальности растворов в кинетических исследованиях. "Идеальные" и "неидеальные" поверхности в гетерогенном катализе
...

Технология нуклеофильного замещения функциональных групп в органических соединениях
Атом галогена в молекуле органического соединения с успехом может быть замещен на другие группы атомов, что создает широкие возможности для синтеза биологически активных соединений, исходя ...

Выводы
Таким образом, в данной работе рассмотрен акридон, его свойства, способы получения и применение. Приведены различные механизмы получения гетероциклических соединений реакциями конденсации. Предложе ...