При дешевизне сибирской жизни большая семья Менделеевых зажила неплохо. Но в 1834 году Иван Павлович ослеп. В этом же году родился последний ребенок, всеобщий любимец Митенька. (Детей было всего 17, а живокрещеных - 14). Семья сразу лишилась того положения в городе и того уклада домашней жизни, который установился со дня обоснования Менделеевых в Тобольске. С этого момента Марья Дмитриевна убедилась, что единственное ее спасение - маленький стеклянный завод.

В октябре 1847 года Иван Павлович умер. И к концу 1848 года, оставшись с двумя сыновьями и дочерью, она обнаружила, что может оставить Тобольск, когда надо будет везти в университет Пашу и Митю.

Хотя Паша был на 2 года старше, Митя не отставал от него в своем развитии, и родители отправили их в гимназию вместе, но по условиям тех лет принимать дозволялось только с 8 лет, а ему было 7. Поэтому его приняли с условием, чтобы в первом классе Митя пробыл 2 года. Успехом Митя блистал только в первых классах.

Потом учеба перестала его увлекать, и он хорошо шел только по тем предметам, которые ему нравились и легко давались, - математика, физика, история. Но настоящим камнем преткновения для него оказались иностранные языки, - немецкий, и особенно латынь. И если Митя успешно переходил из класса в класс, то это происходило только благодаря совету гимназии.