Классификация и номенклатура ферментов основана на типе реакции, которую они катализируют, так как катализируемая реакция – это тот специфический признак, по которому один фермент отличается от другого.

В 1961 г. специальной комиссией Международного биохимического союза была предложена систематическая номенклатура ферментов. Ферменты были подразделены на 6 групп или классов в соответствии с общим типом реакции, которую они катализируют: оксидоредуктазы, трансферазы, гидролазы, лиазы, изомеразы, лигазы.

Каждый фермент при этом получил систематическое название, точно описывающее катализируемую им реакцию. Однако поскольку многие из этих систематических названий оказались очень длинными и сложными, каждому ферменту было также присвоено и тривиальное, рабочее название, предназначенное для повседневного употребления. В большинстве случаев оно состоит из названия вещества, на которое действует фермент, указания на тип катализируемой реакции и окончания –аза.

Международная комиссия по ферментам разработала систему присвоения кодовых чисел (шифров) индивидуальным ферментам. Шифр каждого фермента содержит четыре числа, разделенные точками. Он составляется по следующему принципу:

А. Первое число показывает, к какому классу принадлежит данный фермент.

Б. Второе число, которое присваивается ферменту по классификации, обозначает подкласс. У оксидоредуктаз оно указывает на природу той группы в молекуле донора, которая подвергается окислению (1- обозначает спиртовую группу –CH-OH; 2-альдегидную или кетонную группу и т.д.); у трансфераз – природу транспортируемой группы; у гидролаз - тип гидролизуемой связи; у лиаз – тип связи, подвергающийся разрыву; у изомераз – тип катализируемой реакции изомеризации; у лигаз – тип вновь образуемой связи.

В. третье число обозначает подподкласс. У оксидоредуктаз оно указывает для каждой группы доноров тип участвующего акцептора (1 обозначает кофермент NAD+ или NASP+; 2- цитохром; 3- молекулярный кислород и т.д.); у трансфераз третье число обозначает тип транспортируемой группы; у гидролаз это число уточняет тип гидролизуемой связи, а у лиаз – тип отщепляемой группы; у изомераз оно уточняет характер превращения субстрата, а у лигаз – природу образующего соединения.

Г. Четвёртое число обозначает порядковый номер ферменты в данном подклассе.

Шифровая классификация имеет очень важное преимущество – она позволяет исключить необходимость при включении в список вновь открытых ферментов менять номера всех последующих. Новый фермент может быть помещен в конце соответствующего подкласса без нарушения всей остальной нумерации.