В аддитивной модели предполагается, что биологический отклик соединения может быть представлен как сумма активностей заместителей плюс некая общая средняя активность.

Эта модель основана на предположении о том, что вклад данного заместителя, находящегося в структуре в данном положении, всегда одинаков независимо от того, в каком соединении присутствует рассматриваемый заместитель. Величины вкладов заместителей рассчитываются с помощью множественного линейного регрессионного анализа. Для построения линии регрессии необходима только информация о молекулярной структуре и биологической активности соединений, никакие физико-химические параметры не используются.

При анализе данных методом Фри - Вильсона для каждого соединения составляется линейное уравнение, а параметры рассчитываются методом наименьших квадратов. Здесь применяются те же статистические критерии, что и при анализе методом Ханша. Если рассчитанные статистические критерии являются удовлетворительными и тем самым обоснована применимость аддитивной схемы, то с помощью полученных таким образом параметров линейного соотношения можно восстановить величины биологической активности соединений, составляющих исходную выборку. При этом отдельные сильные отклонения от линейной зависимости могут быть сразу же идентифицированы. И наконец, наиболее важный результат состоит в том, что с помощью рассчитанных значений параметров можно предсказать активность соединений, образованных путем всевозможных сочетаний и перестановок исходных заместителей. Относительные вклады в биологическую активность различных заместителей, расположенных в соединении в различных положениях, могут быть упорядочены

Главный недостаток метода Фри — Вильсона заключается в том, что для описания всех заместителей требуется очень большое число переменных. К тому же иногда приходится иметь дело с вырожденными матрицами. Таким образом, при использовании метода Фри — Вильсона исследователю приходится выбирать одну из двух возможностей: либо испытывать большое количество производных, либо ограничивать количество заместителей и их положений в структуре. Результат выбора, очевидно, определяется спецификой конкретной задачи.