Расщепление углеводных компонентов гликоконьюгатов происходит в лизосомах клеток при участии ферментов гликозидаз и сульфатаз. Эти ферменты отличаются по своей субстратной специфичности как в отношении моносахаридных звеньев, между которыми они расщепляют гликозидные связи, так и по типу связей, гидролитический разрыв которых они катализируют.

Известно около 40 различных гликозидаз, присутствующих в лизосомах. Их разделяют на эндогликозидазы и экзогликозидазы в зависимости от расположения гликозидных связей, гидролиз которых они катализируют. Эндогликозидазы катализируют разрыв связей внутри молекулы и обычно они специфичны к типу разрываемой связи. Экзогликозидазы катализируют отщепление концевых моносахаридных единиц, эти ферменты обычно специфичны по отношению к типу мономерных единиц.

Высвобожденные мономерные единицы покидают лизосомы и могут или повторно использоваться для синтеза углеводных компонентов гликоконьюгатов, или же расщепляться до конечных продуктов.

Гликоконьюгаты с той или иной скоростью постоянно обновляются в организме. Период полуобновления отдельных гликопротеинов может составлять несколько суток, период полуобновления гиалуроновой кислоты по литературным данным оценивается в 2 - 4 дня, а период полуобновления хондроитинсульфатов - в 7 - 16 дней, хотя по-видимому, его продолжительность зависит от ткани, в которой происходит метаболизм того или иного гликоконьюгата.