Результаты и обсуждение
Страница 1

Рассмотрим некоторые моменты методики эксперимента.

8.

Число усреднений и длительность расчёта.

Рис. 4.1. Зависимость длин

H- петель от числа модификаций.

a – 20 усреднений, 1 млн. шагов

b – 40 усреднений, 1 млн. шагов.

c – 20 усреднений 2 млн. шагов.

Из рис. 4.1. видно, что кривые а и b незначительно отличаются друг от друга. Что касается продолжительности счёта, то увеличение его в два раза (кривая с) также сильно не влияет на результат. Таким образом, при проведении эксперимента достаточно 20 усреднений данных, и достаточное время для моделирования – 1 млн. шагов интегрирования.

Время между модификациями поверхности (

t

).

Рис. 4.2. Зависимость величины LB (a) и индекса Шеннона (b) от числа модификаций первичной структуры при различных t.

На рис. 4.2. можно видеть, что чем меньше значение t, тем ниже лежат кривые. Таким образом, при t = 2000 скорость молекулярной эволюции максимальна. При меньшем значении t необходимая релаксация структуры во временном промежутке между модификациями звеньев будет протекать не полностью. То есть в эксперименте мы устанавливаем параметр t равным 2000 шагов интегрирования.

В результате молекулярной эволюции происходит изменение как конформации молекулы, так и первичной последовательности цепи. Для изучения перехода "глобула - головастик" мы использовали ряд характеристик, описанные в разделе 3.3.

1. Радиус инерции

Рис. 4.3. показывает, что в процессе молекулярной эволюции происходит увеличение радиуса инерции. Можно видеть, что при eр < 0.2 увеличение радиуса инерции происходит достаточно сильно, что связано с вырождением глобулы и образованием длинного «хвоста». Величины радиусов инерции сильно флуктуируют во время эксперимента.

Рис. 4.3. Зависимость радиуса инерции и радиуса инерции звеньев Н от числа модификаций первичной структуры.

2. Длины «хвостов».

Рис. 4.4. Зависимость H- и P- «хвостов от числа перекрасок.

Из Рис. 4.4. видно, что чем меньше значение параметра eР, кривые зависимостей лежат выше. Если eР > 0.2, то кривые выходят на плато. В остальных случаях значение «длин» хвостов продолжают возрастать. Эта характеристика также ведёт себя нерегулярно.

9.

Длины петель.

Рис. 4.5. Зависимость H- и P- петель от числа модификаций поверхности глобулы.

Из рис. 4.5. видно, что в процессе эволюции происходит увеличение длин петель. При вырождении глобулы в «головастик» кривые имеют наклон, при стабилизации глобулы в мицелоподобную структуру кривые выходят на плато.

Страницы: 1 2

Смотрите также

Разложение клетчатки микроорганизмами
Еще в древности при построении деревянных судов для защиты дерева использовали асфальт. Во времена Римской империи суда обивали металлическими листами. Выбор материалов производился экспери ...

Компоненты, обладающие свойствами понижать горючесть полимерных материалов
Ежегодно пожары наносят экономике страны ущерб в сотни миллионов рублей. При сгорании полимерных материалов выделяется большое количество токсичных газов, пагубно действующих на человека и ...

Водород и его свойства
...