Рассмотрим некоторые моменты методики эксперимента.

8.

Число усреднений и длительность расчёта.

Рис. 4.1. Зависимость длин

H- петель от числа модификаций.

a – 20 усреднений, 1 млн. шагов

b – 40 усреднений, 1 млн. шагов.

c – 20 усреднений 2 млн. шагов.

Из рис. 4.1. видно, что кривые а и b незначительно отличаются друг от друга. Что касается продолжительности счёта, то увеличение его в два раза (кривая с) также сильно не влияет на результат. Таким образом, при проведении эксперимента достаточно 20 усреднений данных, и достаточное время для моделирования – 1 млн. шагов интегрирования.

Время между модификациями поверхности (

t

).

Рис. 4.2. Зависимость величины LB (a) и индекса Шеннона (b) от числа модификаций первичной структуры при различных t.

На рис. 4.2. можно видеть, что чем меньше значение t, тем ниже лежат кривые. Таким образом, при t = 2000 скорость молекулярной эволюции максимальна. При меньшем значении t необходимая релаксация структуры во временном промежутке между модификациями звеньев будет протекать не полностью. То есть в эксперименте мы устанавливаем параметр t равным 2000 шагов интегрирования.

В результате молекулярной эволюции происходит изменение как конформации молекулы, так и первичной последовательности цепи. Для изучения перехода "глобула - головастик" мы использовали ряд характеристик, описанные в разделе 3.3.

1. Радиус инерции

Рис. 4.3. показывает, что в процессе молекулярной эволюции происходит увеличение радиуса инерции. Можно видеть, что при eр < 0.2 увеличение радиуса инерции происходит достаточно сильно, что связано с вырождением глобулы и образованием длинного «хвоста». Величины радиусов инерции сильно флуктуируют во время эксперимента.

Рис. 4.3. Зависимость радиуса инерции и радиуса инерции звеньев Н от числа модификаций первичной структуры.

2. Длины «хвостов».

Рис. 4.4. Зависимость H- и P- «хвостов от числа перекрасок.

Из Рис. 4.4. видно, что чем меньше значение параметра eР, кривые зависимостей лежат выше. Если eР > 0.2, то кривые выходят на плато. В остальных случаях значение «длин» хвостов продолжают возрастать. Эта характеристика также ведёт себя нерегулярно.

9.

Длины петель.

Рис. 4.5. Зависимость H- и P- петель от числа модификаций поверхности глобулы.

Из рис. 4.5. видно, что в процессе эволюции происходит увеличение длин петель. При вырождении глобулы в «головастик» кривые имеют наклон, при стабилизации глобулы в мицелоподобную структуру кривые выходят на плато.